江苏、湖北、山西、四川、河北省部分政协委员认为，新型农村合作医疗制度实施后受到广大农民欢迎，但也遇到一些共性问题。

　　一是受益面较窄。新型农村合作医疗主要是“保大病、重病”，大病往往需要住院，实际上农民患病住院率只有3%左右，而97%的门诊常见病、多发病、慢性病费用不能报销。因此农民因病致贫、因病返贫问题未得到有效解决。

　　二是补偿比例偏低。乡镇卫生院医疗技术水平和设施条件有限，一些参合农民在二级、三级医院就诊比例较高，不仅造成乡镇卫生院资源闲置，还增加了农民就医成本。以某县为例，2007年1月至5月住院补偿3999人次，其中530人次在三级医院治疗，1644人次在二级医院治疗，1825人次（占45.6%）在乡镇一级卫生院治疗。在高级别医疗机构治疗起付线高报销比例低。特别是在县（市）医疗机构，《基本药物目录》以外药开得多、超标准收费等现象普遍存在，实际报销比例只有16%左右。有的新农合试点县运行一年，门诊和住院费补助仅用掉1/3，报销比例低，造成基金结余过多。

　　三是运转成本高。新农合涉及千家万户，大多数农户经济不富裕，文化水平不高，对政府收费有抵触心理。新农合筹资需要“合管办”工作人员挨家挨户上门收钱，耗费大量人力、物力、财力和时间。新农合以县为单位集中审核、报销，具体工作由县合管委领导，下设县合管办，再下设县合管中心，各乡镇也设置相应新农合机构；加之数额庞大的宣传组织费用，工作人员和办公经费成本较高。

　　四是监督管理不规范。新型农村合作医疗管理工作由卫生行政部门负责，经办机构一般设在乡镇卫生院，卫生部门身兼两职，既是管理者又是经办者；既代表供方提供医疗服务，又代表需方管理新型农村合作医疗基金，无法形成有效的监管机制。由于人手紧张，新农合报销审核漏洞较多,客观上造成基金的安全隐患。

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